南京市位于长江下游中部富庶地区，江苏省西南部。市域地理坐标为北纬31°14′～32°37′、东经118°22′～119°14′。市中心新街口地理坐标为北纬32°02′38″、东经118°46′43″。全市行政区域总面积6582.31平方公里，户籍总人口629.77万，比上年末增加5.31万人。其中，市区545.98万人，比上年增加4.73万人。

　　南京市跨江而居，北连辽阔的江淮平原，东接富饶的长江三角洲，与镇江市、扬州市、常州市及安徽省滁州市、马鞍山市、宣州市接壤。市区东倚钟山，山高海拔448.9米，恰似龙蟠，气势雄伟；西傍长江天堑，大江从西南滚滚奔腾而来，向东北滔滔而去，下关江面最窄处有1公里多，流经南京段长约95公里，浩荡磅礴，万吨海轮可终年通航，市区距长江入海口347公里。孙中山先生于1918年在《建国方略》中说：“南京为中国古都，在北京之前，其位置乃在一美善之地区，其地有高山，有深水，有平原，此三种天工，钟毓一处，在世界之大都市中诚难觅此佳境也。”

　　南京地貌特征属宁镇扬丘陵地区，以低山缓岗为主，低山占土地总面积的3.5%，丘陵占4.3%，岗地占53%，平原、洼地及河流湖泊占39.2%。南京地区的土壤在北、中部广大地区为黄棕壤（地带性土壤），南部与安徽省接壤处有小面积的红壤。全市森林覆盖率为13%。

　　南京城四周山峦起伏，宁镇山脉和江北的老山横亘市域中部，南部有秦淮流域丘陵岗地南界的横山、东庐山遥相呼应。市区除宁镇山脉最高峰紫金山外，北有幕府山峭壁如屏；西有清凉山（古名石头山）犹如蹲踞之虎，南麓有清凉寺、扫叶楼；城南的雨花台，是一座出产色彩鲜艳的花纹卵石的山冈；西南有牛首山、祖堂山，层峦叠翠，绚丽多姿；栖霞山在城东北，入秋后红枫黄槲，层林尽染；城东北临江兀立的燕子矶，山体虽小，但险峻峭拔，宛如欲飞的燕子。

　　全市湖泊、水库棋布，河流网织，水域面积达11%以上。古城既有群山环抱，又有秦淮河、金川河和玄武湖、莫愁湖等大小河流、湖泊萦绕，点缀于城中南北，与浩瀚的长江一起，组成一曲山川河湖纵横交错的交响诗。难怪三国时，诸葛亮也不禁赞叹：“钟山龙蟠，石城虎踞，真帝王之宅也。”

　　南京蕴藏着较丰富的矿产资源，境内已发现54种矿藏，具有开采价值的有近30种。铁、铜、铝、锌、金、银、锶等15种矿储量江苏省第一，4种进入全国前6位。锶矿品位高、储量大，为东南亚之首。温泉是南京主要的地热资源，著名的有汤山温泉、汤泉温泉、珍珠泉温泉等，水温一般在20℃～60℃。

　　南京属北亚热带湿润气候，四季分明，雨水充沛。常年平均降雨117天，平均降雨量1106.5毫米，相对湿度76%，无霜期237天。每年6月下旬到7月上旬为梅雨季节。2009年，市区年平均降雨量1366毫米。常年平均气温为15.3℃，2009年市区年平均气温为16.4℃。常年冬季以东北风为主，1月份平均最低温度-1.6℃；夏季以东南风为主，7月份平均最高温度30.6℃。南京市历史上极端最高气温43℃，出现在1934年7月13日；最低气温-14.0℃，出现在1955年1月6日。2009年极端最高气温为38.5℃。历史上南京夏天曾有“火炉”之称，但根据近30年35℃以上高温日数记录与九江、武汉、重庆三地相比，南京高温程度、日数已明显低少于上述城市。“火炉”已成故事。

　　中国气候学采用任意连续5天平均气温＞22℃为夏季，＜10℃为冬季，＞10℃、＜22℃为春、秋季。南京进入春季是4月1日左右，清明未到，已经柳绿桃红；进入夏季是6月8日左右，芒种时节，麦熟禾壮；进入秋季是9月18日左右；进入冬季是11月12日左右，立冬已过，草木尚未枯黄。冬、夏季长，而春、秋季略短。